Les différents éléments du système de messagerie sont agencés selon une architecture logique, pour en assurer le fonctionnement.
Nous représentons cette architecture par le schéma suivant:

Ce schéma présente le transfert d'un courriel d'un expéditeur à un destinataire.
1 - L'expéditeur communique son courriel via le MUA.
2 - Le MUA transmet ce courriel au MTA (la plupart des MUA intègre des clients SMTP).
3 et 4- Le MTA du système de l'émetteur établit un canal de transmission avec le MTA du système du destinataire, par émissions successives de requêtes bidirectionnelles .
5 - Une fois le canal établit, le courriel est transmis d'un système à un autre par les MTA.
6 - Dans le système du destinataire, Le MTA transmet le courrier reçu au serveur IMAP ou POP3.
7, 8 et 9 - Le MDA récupère le courriel du serveur IMAP / POP 3, et le met à disposition du MDA.
10 - Le MDA dépose le courriel dans la boîtes aux lettres du destinataire qui pourra le consulter à tout moment, sur authentification.

C'est un agent qui permet d'acheminer le courriel d'un serveur à un autre. Le MTA de l'émetteur route le mail sur le MTA du récepteur.
Il implémente un protocole sortant. Notons que les protocoles sortants permettent de gérer la transmission du courrier entre les systèmes de messagerie. Le protocole sortant généralement utilisé est le Simple Mail Transfert Protocol ou SMTP .

SMTP peut être traduit comme protocole simple de transfert de courriel . Il est de la famille des protocoles basés sur TCP/IP. Il utilise généralement le port 25.
Le mécanisme de fonctionnement de SMTP est qu'il commence d'abord par vérifier l'existence de l'expéditeur et du ou des destinataire (s), indiqués dans l'entête du message, puis il transmet le contenu.
La transmission s'effectue sur un canal de communication établi entre l'émetteur et le destinataire par émission bidirectionnelle de requêtes basées sur des commandes.
Il existe plusieurs serveurs MTA qui implémentent SMTP. Parmi les plus connus, il y a Postfix, Exim, Qmail et Sendmail.

Les protocoles entrants permettent la réception et la distribution du courriel. Les plus généralement utilisés sont : Post Office Protocol version 3 (POP3) et Internet Message Access Protocol (IMAP), qui sont tous deux basées sur TCP/IP .
Dans son fonctionnement, POP3 va récupérer le courriel sur un serveur de messagerie.

IMAP est une version améliorée de POP3 qui intègre les opérations suivantes:
-> la gestion de plusieurs accès simultanés
-> la gestion de plusieurs boîtes aux lettres
-> la synchronisation des courriels entre le serveur et le client (les courriels ne sont pas effacés sur le serveur de messagerie comme le fait POP3 )
-> le tri du courrier selon des critères
Il existe une version sécurisée de IMAP : IMAPS qui intègre le protocole SSL (Secure Socket Layer).
Dans le système de messagerie , il est nécessaire d'avoir un serveur qui implémente un protocole entrant.

Il s'agit d'un agent qui est en charge de la gestion des boîtes aux lettres . Il est chargé de livrer le courriel dans la boîte à messages du destinataire. Pour cela, il est souvent considéré comme le point final d'un système de messagerie .
Dans le MDA , on peut filtrer les courriels; et même supprimer les spams par des anti-spams (comme spamassassin) et contrôler les virus par des antivirus.
Il existe plusieurs serveurs MDA, les plus courants sont procmail, maildrop et cyrus.

Le MUA est un logiciel client de messagerie qui fournit un environnement pour la gestion du courriel (envoi, saisie, réception, suppression, etc.). Il est très proche du MDA.
Tout comme les autres agents, il existe également plusieurs MUA . Un MUA avec une interface Web, est appelé Webmail. Vous trouverez ici une liste de webmails.

1 - Avec SMTP comme protocole sortant et IMAP ou POP 3 comme protocole entrant, il est possible d'ajouter une couche de sécurité aux transmissions en imposant une authentification préalable. Il existe deux techniques pour le faire : open-smtp et smtp-auth .
    -open-smtp consiste pour l'utilisateur (qui voudra se connecter au serveur SMTP pour envoyer un message) de s'authentifier préalablement au niveau du protocole entrant avec son login et son mot de passe. Cette technique se base sur le principe que tous les utilisateurs du système de messagerie ont un compte d'accès .
    -smtp-auth est une technique similaire à la précédente, le principe reste le même mais l'authentification a lieu directement sur le serveur implémentant SMTP. Elle est la plus utilisée et l'est par les messageries sur internet dans la lutte contre les spams. La sécurité devient encore plus renforcée avec des mots de passe compliqués, et un recours à SSL (IMAPS).

2 - Le MUA peut intégrer le MDA, le client IMAP / POP3 et le client SMTP.